Felix Mendelssohn Bartholdy stammte aus einer wohlhabenden bürgerlichen jüdischen Familie. Sein Großvater war der bedeutende Philosoph Moses Mendelssohn (1729–1786). Sein Vater Abraham (1776–1835) war in hoher Position in der Bank seines Bruders. Die Mutter Lea, geborene Salomon (1777–1842), stammte aus einer Fabrikantenfamilie. Nach der Heirat 1804 zogen Abraham und Lea Mendelssohn von Berlin nach Hamburg. Dort wurden 1805 Fanny, 1809 Felix, 1811 Rebecca und 1812 Paul geboren.
Alle Kinder der Mendelssohns wurden christlich erzogen und am 21. März 1816 von Johann Jakob Stegemann, dem Pfarrer der Reformierten Gemeinde der Berliner Jerusalemskirche in einer Haustaufe reformiert getauft. Bei dieser Gelegenheit erhielt Felix seine Taufnamen Jakob und Ludwig. Darüber hinaus wurde dem Familiennamen der „christliche“ Name Bartholdy beigefügt. Die Eltern Abraham und Lea selbst konvertierten erst 1822 zum Christentum.
Eine noch engere Bindung zur reformierten Konfession ergab sich für Felix Mendelssohn Bartholdy später: Der Vater seiner Frau Cécile Charlotte Sophie, geborene Jeanrenaud, war Prediger an der Französisch-reformierten Kirche in Frankfurt am Mai, starb allerdings schon früh. Cécile und Felix lernten sich 1836 in der Frankfurter Gemeinde kennen, als der junge Musiker dort vertretungsweise die Leitung des Cäcilien-Chors innehatte. Das Paar verlobte sich am 9. September 1836 im Haus der Jeanrenauds. Am 28. März 1837 fand die Trauung in der Französisch-reformierten Kirche statt. Felix Mendelssohn Bartholdy entwickelte im Laufe der Jahre eine enge Verbindung zu Céciles Familie.